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A área protegida eleva-se na costa do Pacífico, com praias, manguezais e lagoas costeiras, até florestas tropicais no topo do Cerro Tacarcuna, que a 1.845 metros de altitude é o ponto mais alto do parque nacional, localizado na divisão continental de a Serranía del Darién, a poucos quilómetros do Caribe, no canto noroeste do país. Entre os dois extremos, uma impressionante cobertura florestal de florestas tropicais húmidas e florestas tropicais muito húmidas de uma importante rede hidrográfica define a sua paisagem.



As principais cadeias de montanhas e montanhas do parque são de origem vulcânica e ainda é possível ver os tufos e lavas que manifestam o seu passado convulsivo. A cordilheira dos Darién ao norte, as de Pirre e Setule na parte sul e a cordilheira do Sapo e a cordilheira Juradó no sul são as características morfológicas mais significativas. Os rios mais importantes da região nascem no parque, incluindo os rios Tuira, Balsas, Sambú e Jaque.



O parque está localizado no extremo leste do país, na província de Darien, na fronteira com 90% da fronteira entre Panamá e Colômbia, e a 325 quilómetros de estrada da Cidade do Panamá.



Um local importante para a observação de aves é o Centro Ambiental e a Estação Científica Cana, localizada no coração do parque, no que costumavam ser as famosas minas de ouro do Espírito Santo ou Cana.



Numerosas trilhas naturais e históricas permanecem abertas o ano todo nesta área do parque nacional administrada pela Associação Nacional para a Conservação da Natureza (ANCON).

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